Es a partir del año 2002 cuando este emblemático monasterio volvió a cobrar vida, desempeñando la misma función para la que fue construido. A partir de 2006 se constituyó la Asociación Hospital de Peregrinos San Antón con el fin de gestionar las ruinas y el albergue para los peregrinos.

El complejo del Convento de San Antón estaba constituido por una iglesia ubicada en el lado sur del camino y de una hospedería con su respectivo cementerio en el lado norte. Era paso obligado de peregrinos a través del pórtico de su iglesia.

La iglesia estaba compuesta por un amplio edificio de planta de cruz latina de una sola nave de dos tramos, finalizada en un gran ábside poligonal y transepto con dos capillas también poligonales. Se añadió una segunda nave colateral en el costado sur para su empleo por los conversos.

La entrada a la iglesia se hacía a través de una portada con seis arquivoltas totalmente adornadas de estatuas. Esta entrada estaba protegida por un arco elevado del siglo XVI. Aquí se realizaba la cura del “mal del fuego” o ergotismo, enfermedad que se extendió en la Edad Media.

Actualmente toda la estructura ha perdido sus abovedamientos, pero se aprecian perfectamente los arranques de los nervios que ayudaban a soportar las bóvedas de crucería con que contaba. Algunos de los sillares del edificio llevan una marca con la letra tau, símbolo de la orden. La parte mejor conservada es el magnífico ábside central con dos pisos de ventanales apuntados entre potentes contrafuertes exteriores, recordando los modelos absidales de Las Huelgas de Burgos.