Gracias a las labores arqueológicas llevadas a cabo desde que se comenzara a excavar el yacimiento en el siglo XVIII, se ha podido recuperar un importante número de restos que permiten reconstruir la estructura urbana y el pulso vital de lo que fue una gran ciudad romana.

El ámbito urbano más importante era el foro, centro político, religioso y comercial de la ciudad. En él se desarrollaban todos los procesos judiciales, transacciones comerciales y actos religiosos. Presenta una planta rectangular en uno de cuyos extremos se situaba la basílica, con una función jurídica, desde donde se accedía a otro edifico conocido como Aedes Augusti. En el extremo opuesto se encontraría el gran templo, construido sobre un alto podio. Su planta rectangular con ábside en la parte posterior es algo totalmente atípico en el modelo de templo itálico. Se desconoce a qué divinidad estaba dedicado; posiblemente a Júpiter o a la Tríada Capitolina. Todo el foro se encontraba porticado y en su extremo oriental se han excavado las tabernae o tiendas, al parecer con una función representativa o religiosa, además de mercantil. Cerca del foro se encuentra el macellum o mercado, con una peculiar planta en forma de botella.

De gran interés son también las viviendasde las que se conservan varios ejemplares. Las viviendas que caracterizaban la forma de ser de los romanos, y la clase social a la que pertenecían, se definían en las ciudades con dos tipos clásicos: insulae y domus. La ínsula se caracterizaba por su semejanza con nuestros edificios actuales: bloques de viviendas, ocupados normalmente en régimen de alquiler, con varios pisos, realizados con materiales baratos y habitados por aquellos ciudadanos que no podían permitirse el tener una casa romana (domus). La planta baja solía utilizarse para tiendas y talleres (tabernae) y los pisos se iban arrendando en función del poder adquisitivo del inquilino, cuanto más arriba peor calidad.

Las domus normalmente de una planta, consistían en una serie de dependencias agrupadas en torno a patios o peristilos que les permitía almacenar el agua de lluvia. Los usos de los espacios se organizaban en una secuencia que iba de lo más público a lo más privado, situando las dependencias principales, triclinium y tablinum, en el centro. Las casas más pudientes disponían de espacios nobles de recepción y vivienda familiar dotados de mosaicos polícromos y de pinturas murales, así como de grandes espacios ajardinados. Muchas de ellas, contaban con parte de las habitaciones construida bajo tierra, que servían de abrigo para el frío invierno y aliviaban del rigor del caluroso verano.

Destaca la casa de Taracena, llamada así en honor al arqueólogo que la excavó, Blas Taracena. Se compone de varias viviendas que fueron unificadas en un momento tardío. En algunas estancias se conservan espectaculares mosaicos, y también habitaciones subterráneas, además del característico sistema de calefacción mediante la circulación de aire caliente bajo el suelo (hipocausto).

Clunia contó asimismo con al menos tres edificios de baños públicos o termas, compuestos por una serie de vestuario (apoditerium), sala de baños fríos (frigidarium), sala templada (tepidarium), sala de baños calientes (caldarium) y, a veces, sauna de vapor (laconium o assa sudatio). Destaca el gran conjunto termal de Los Arcos I, el cual presenta una organización dúplice para que hombres y mujeres pudieran bañarse por separado. Esta ciudad romana conserva los restos de un solo edificio de espectáculos, el teatro, cuyas gradas, las más amplias de toda Hispania, fueron talladas aprovechando la pendiente de una ladera.

El teatro es uno de los elementos arquitectónicos más representativos del yacimiento arqueológico, pues nos proporciona datos sobre el tamaño de ciudad romana en la que se construyó y del paisaje en el que se enclava. Construido en el borde oriental del cerro aprovechando la ladera y en forma de media luna, el teatro estuvo parcialmente enterrado por los depósitos naturales arrastrados por el agua durante años, por lo que fue objeto de diversas excavaciones a lo largo de los años para recuperarlo. El graderío, en parte apoyado sobre la ladera y en parte tallado sobre la roca, quedaba rematado por un pórtico superior. Desde ese pórtico se podía acceder directamente mediante unas escaleras a los niveles inferiores, a los que también se llegaba desde abajo.

Hoy en día en este teatro se celebran el Festival de Verano de Clunia, con actuaciones teatrales y musicales y el Festival Juvenil de Teatro Grecolatino, así como cursos de verano.