Bugedo de Candepajares se encuentra bajo una inclinada ladera de los Montes Obarenes, muy cerca del límite con La Rioja. El monasterio, dotado de un rico patrimonio artístico en el que destaca su gran iglesia de origen románico, fue fundado por doña Sancha Díaz de Frías en 1162, quien lo declaró sujeto a la abadía premostratense de San Cristóbal de Ibeas de Juarros. Alfonso VIII también fue un gran benefactor del conjunto monástico, otorgándole numerosas propiedades en tierras de Burgos, Álava y La Rioja. Tras superar las incertidumbres del siglo XIV y primeras décadas del XV, la comunidad resurge con nuevos bríos que se verán recompensados en el siglo XVI con la declaración del monasterio como dependencia “real” por parte de Felipe II. Con la Desamortización y Exclaustración de los años treinta del siglo XIX, los monjes se marcharon y el monasterio estuvo a punto de desaparecer. Posteriormente tuvo varios propietarios y en 1891 pasó a manos de los Hermanos de las Escuelas Cristianas de la Salle, quienes desde entonces se han encargado de conservarlo y restaurarlo.

La iglesia del monasterio de estilo románico es un fiel reflejo de la prosperidad de sus primeros tiempos. La parte más significativa es la cabecera rematada por tres ábsides semicirculares. Se fechan entre finales del siglo XII y comienzos del XIII. En el exterior, el ábside central se divide en cinco tramos separados por columnas. En cada uno de los paños hay una ventana de medio punto con dos arquivoltas que se apoyan sobre capiteles de acanto. Los ábsides laterales están perforados en su centro por saeteras de medio punto. La fachada de la iglesia se sitúa entre la torre y el muro septentrional del claustro. Posee una portada apuntada, por encima de la cual se abre un óculo.

Se trata de un edificio de planta de cruz latina. En las cubiertas se entremezclan las bóvedas de cañón apuntado con las de crucería simple y las más modernas de terceletes. A los pies del templo se encuentra un magnífico coro del siglo XVI. La decoración de la iglesia, por su tardía época de construcción, se reduce casi exclusivamente a los capiteles. Éstos muestran claras influencias del arte cisterciense y representan esencialmente motivos vegetales como hojas de acanto, piñas, etc.

El resto del conjunto monástico se completa con una torre y un claustro. La tradición señala que la torre, alzada al norte de la iglesia, es el núcleo más antiguo del edificio. El claustro medieval fue destruido en el siglo XVI y sobre éste se alzó otro clasicista de tres alturas con cinco tramos en cada galería cubiertos por bóvedas de aristas. Este nuevo claustro fue iniciado por los canteros Matías y Bartolomé Castañeda. En Bujedo trabajó en el siglo XVI el conocido escultor Diego de Marquina. A él se le atribuye la construcción del sepulcro de la fundadora y del retablo mayor de la iglesia. Ambas obras se perdieron.