Sierra de Árcena y desfiladero del Río Purón
Este alargado sinclinal que separa el Valle de Tobalina de la Jurisdicción de San Zadornil es un enclave de privilegiados ecosistemas. Al Noreste de la Provincia de Burgos, la Sierra de Árcena es la divisoria entre el Valle de Tobalina y la Jurisdicción de San Zadornil. Bosques de haya y pino. Zorro, jabalí, corzo, azor, halcón abejero y búho real.
Riberas del Pisuerga
Las riberas del Pisuerga forman una alargada isla verde, que se convierte en un lugar privilegiado para la fauna y la flora. En el extremo Oeste de la Provincia de Burgos. El río Pisuerga es frontera con la Provincia de Palencia. Álamos, alisos, sauces y chopos. El río Pisuerga, que nace en el Pico Tres Mares en la sierra palentina de Peña Labra, recorre la provincia de Burgos en su límite con la de Palencia durante aproximadamente 52 kilómetros.
Ribera del Arlanza
El río Arlanza, en sus 130 kilómetros de recorrido por la provincia, modela uno de los paisajes naturales con mayor personalidad histórica y cultural del norte de España. Cruza de Este a Oeste la provincia de Burgos, entre las cuencas de los ríos Duero y Arlanzón. Bosque de galería. Aves acuáticas y terrestres.
Valle de Las Caderechas
Un privilegiado espacio natural en el cual conviven armoniosamente bosques, campos de frutales, pequeños pueblos y estrechos valles. En el noroeste de la Bureba. Este cerrado valle es accesible únicamente desde las localidades de Terminón, Salas de Bureba y Hozabejas.
Pico Muñalba
El Pico Muñalba es, con sus 2.074 metros, la máxima altitud de la Sierra de Neila y la segunda cumbre de la provincia. En el sureste de la Provincia de Burgos. Se accede a la cumbre desde el puerto de El Collado, situado entre Quintanar de la Sierra y Neila.Pastizales, enebros y piornos rastreros.
Páramo de Masa
Plano y austero paisaje en el que afloran varias lagunas de origen kárstico. En el norte de la Provincia de Burgos, entre las localidades de Masa y Poza de la Sal. Escasas formaciones vegetales que se ven reducidas a un matorral de brezo, tomillo y gayuba. Bosquetes aislados de encina y quejigo.
Montes de Somo y Valnera
Configuran uno de los paisajes más bellos de toda la región y constituyen un lugar ideal para el estudio del glaciarismo cuaternario. Situados en el extremo norte de la Provincia, en los términos municipales de Espinosa de los Monteros y Merindad de Sotoscueva. La vegetación presenta endemismos y especies boreoalpinas.
Montes de Oca
Interesante enclave medioambiental, en la divisoria natural de aguas entre las cuencas del Ebro y del Duero, al este de la Provincia de Burgos. Las poblaciones más importantes de su entorno son Belorado y Villafranca Montes de Oca.
Montes de Miranda de Ebro y Ameyugo
Las agrestes sierras que cierran la cuenca de Miranda de Ebro por su flanco meridional presentan un estado de conservación excepcional. En el extremo oriental de los Montes Obarenes, al sur de Miranda de Ebro. Pastizales, robledales, encinares, pinares, sabina mora y boj. Bosques de ribera. Buitre leonado, águila perdicera.
Montes de la Peña
El perfil característico de los Montes de la Peña, con su crestería caliza sirven de telón de fondo al Valle de Mena y a la vecina Merindad de Montija. En el norte de la Provincia, los Montes de la Peña son la divisoria entre el Valle de Mena y la Merindad de Montija en su vertiente norte, con la Junta de Traslaloma y el Valle de Losa en su vertiente sur.