Bosques de El Perul y Fuentes del Hormazuelas
Conjunto de bosques mixtos integrados por especies típicamente mediterráneas, como la encina o el quejigo, y otras necesitadas de mayor humedad, como el roble rebollo. En el extremo más septentrional de la comarca de Páramos y Campiñas entre las localidades de Acedillo y Coculina. Se accede al espacio desde Montorio o Villadiego. Encina, quejigo, roble.Aves rapaces como el águila real, el halcón, el gavilán y el búho chico. En la espesura de los bosques encuentran refugio corzos, jabalíes, gatos monteses
Valle de Zamanzas
Entre los desafiantes cañones del Ebro y el espectacular desfiladero de los Tornos de Tudanca, se extiende el agreste Valle de Zamanzas. El espinazo calcáreo de la Peña Nava le sirve de límite natural con el vecino Valle de Manzanedo.
Valle de Angulo
La Sierra Salvada abriga todo el valle, conformando un paraje natural de enorme belleza en el que destaca la espectacular cascada de Peñaladros. Al noreste de la Provincia de Burgos, en el municipio de Valle de Mena, los accesos al Valle de Angulo se realizan desde Villasana de Mena, el puerto de Angulo y desde la vecina localidad alavesa de Arceniega. Hayas.
Pozo Azul de Covanera
Un mágico pozo de aguas turquesa que esconde la galería subacuática más larga de España
Tierras de Lara
Paisaje presidido por la Sierra de Peñalara y el Picón de Lara. Al sureste de la Ciudad de Burgos, se accede fácilmente por la carretera nacional 234 Burgos-Soria, tomando un desvío en Mambrillas de Lara. Aves rapaces. La Sierra de Peñalara y el Picón de Lara son relieves destacados situados a medio camino entre la Sierra de la Demanda y la Sierra de las Mamblas.
Sotos y riberas del Duero
Los sotos de la ribera del río Duero muestran gran espesura y diversidad de especies ripícolas, tanto arbóreas como arbustivas. El curso fluvial recorre de Este a Oeste el sur de la Provincia de Burgos. Bosque de ribera. Aves: garza real, martinete, garceta común, ánade real y focha común.
Sierra de Árcena y desfiladero del Río Purón
Este alargado sinclinal que separa el Valle de Tobalina de la Jurisdicción de San Zadornil es un enclave de privilegiados ecosistemas. Al Noreste de la Provincia de Burgos, la Sierra de Árcena es la divisoria entre el Valle de Tobalina y la Jurisdicción de San Zadornil. Bosques de haya y pino. Zorro, jabalí, corzo, azor, halcón abejero y búho real.
Riberas del Pisuerga
Las riberas del Pisuerga forman una alargada isla verde, que se convierte en un lugar privilegiado para la fauna y la flora. En el extremo Oeste de la Provincia de Burgos. El río Pisuerga es frontera con la Provincia de Palencia. Álamos, alisos, sauces y chopos. El río Pisuerga, que nace en el Pico Tres Mares en la sierra palentina de Peña Labra, recorre la provincia de Burgos en su límite con la de Palencia durante aproximadamente 52 kilómetros.
Ribera del Ebro junto a Miranda de Ebro
Tramo del río Ebro con sotos bien conservados. Situado al noreste de la Provincia de Burgos, en el entorno de Miranda de Ebro. Anfibios y reptiles, visón europeo, peces continentales. Comprende el tramo final del Ebro en la provincia, entre el límite de Montes Obarenes y Miranda, y el río Oroncillo. Su inclusión en la Red Natura 2000 viene dada por la importancia de la zona como hábitat de anfibios y reptiles.
Ribera del Arlanza
El río Arlanza, en sus 130 kilómetros de recorrido por la provincia, modela uno de los paisajes naturales con mayor personalidad histórica y cultural del norte de España. Cruza de Este a Oeste la provincia de Burgos, entre las cuencas de los ríos Duero y Arlanzón. Bosque de galería. Aves acuáticas y terrestres.