Montes de Miranda de Ebro y Ameyugo
Las agrestes sierras que cierran la cuenca de Miranda de Ebro por su flanco meridional presentan un estado de conservación excepcional. En el extremo oriental de los Montes Obarenes, al sur de Miranda de Ebro. Pastizales, robledales, encinares, pinares, sabina mora y boj. Bosques de ribera. Buitre leonado, águila perdicera.
Montes de la Peña
El perfil característico de los Montes de la Peña, con su crestería caliza sirven de telón de fondo al Valle de Mena y a la vecina Merindad de Montija. En el norte de la Provincia, los Montes de la Peña son la divisoria entre el Valle de Mena y la Merindad de Montija en su vertiente norte, con la Junta de Traslaloma y el Valle de Losa en su vertiente sur.
Montes de la Engaña
Los Montes de la Engaña, en la divisoria cantábrica, están cubiertos de espesos bosques y sus tierras son recorridas por el río del mismo nombre. Situados en el extremo norte de la Provincia de Burgos, entre las merindades de Valdeporres y Sotoscueva, presentan bosques de hayas, robles y abedules, mientras entre la fauna destacan el lobo y la nutria.
Monte Santiago
Frondoso y bien conservado hayedo que llega hasta el borde de un espectacular anfiteatro rocoso por el que se precipita, en épocas de deshielo o fuertes lluvias, el río Nervión, formando una cascada de 222 metros de altura. Localizado en el extremo noreste de la Provincia de Burgos, en la Sierra Salvada, al poco de pasar Berberana y antes de llegar al puerto de Orduña.
Parque Natural de los Sabinares del Arlanza-La Yecla
Un paisaje de grandes cortados calizos que contrastan con el verdor de uno de los sabinares mejor conservados del planeta
Laguna de Haedillo
Forma parte de un conjunto de once lagunas glaciares situadas en la cara norte de la Sierra de Neila, en el sureste de la Provincia de Burgos. Las lagunas se distribuyen entre los municipios de Valle de Valdelaguna, Huerta de Arriba y Huerta de Abajo. Se accede a pie desde la localidad de Tolbaños de Arriba.
Lagunas de Gayangos y Bárcena de Pienza
Valioso conjunto de pequeños lagos que forman un bello paisaje y son importante refugio para las aves. En las Merindades, al norte de la provincia, en el municipio de Merindad de Montija. Junco de laguna, carrizos y eneas. Zampullín chico, ánade real, pato cuchara, porrón común, somormujo lavanco, avetorillo, ánade real, anfibios.
Parque Natural de las Lagunas glaciares de Neila
Impresionante conjunto de lagunas de origen glaciar. Situadas al sureste de la Provincia de Burgos, en la Sierra de la Demanda, se accede a ellas por una carretera de alta montaña desde Quintanar de la Sierra o Neila.
Hoces de Sobrón
Espectacular y poderoso desfiladero de paredes calizas tallado por el río Ebro en el noreste de la Provincia. Atravesado por la carretera BU-530, comunica el Valle de Tobalina con Miranda de Ebro y su entorno. Bosques mixtos de hayas, quejigos, encinas, madroños, avellanos, etc. En esta zona crece una flor endémica de los Montes Obarenes, el Narcissus jacetanus vasconicus. Corzo, jabalí, gato montés; aves rapaces: águilas perdiceras, alimoches, halcones peregrinos y búhos reales.
Desfiladero de Ura
Estrecha y serpenteante garganta rocosa abierta por el río Mataviejas en las estribaciones más occidentales de las Peñas del Carazo. Cerca del río Arlanza, a la localidad de Ura se accede por un desvío de la carretera que comunica Covarrubias con Quintanilla del Agua. A Castroceniza, en el otro extremo del desfiladero, se llega desde la carretera de Covarrubias a Santo Domingo de Silos.