Valle formado por el río Ebro, con tupidos bosques y numerosos vestigios de su pasado histórico. Al norte de la Provincia de Burgos, en las Merindades, el Valle comienza al oeste, al pie de la carretera Burgos-Santander, en el pueblo de Crespos y finaliza al oeste en Incinillas, en la carretera nacional 232. Haya, encina, roble, pino, boj, madroño y vegetación de ribera.

El Valle de Manzanedo se encuentra arropado por el anticlinal de Leva y la Sierra de Tudanca. Sus tierras son regadas por el río Ebro que, a la entrada y salida del Valle, configura los desfiladeros de Los Tornos y Los Hocinos. En el centro de este Valle hay otro más pequeño, labrado por el río Rojo.