El recorrido por la ruta jacobea por la localidad de Castrojeriz termina en la iglesia de San Juan, en la calle Real, cerca de la puerta occidental. Es el templo más esbelto, respuesta a una etapa de prosperidad y de fuertes relaciones comerciales de importantes familias castreñas con Italia y los Países Bajos, principalmente.

La Iglesia de San Juan constituye uno de los modelos de planta de salón más interesantes de la provincia de Burgos. De su fábrica de los siglos XIII al XIV
conserva el ábside poligonal, la torre y el claustro. Sin embargo, fue a finales del siglo XV y principios del XVI cuando se llevó a cabo la reedificación de las naves, adoptando la forma de iglesia salón, con tres naves a la misma altura y con finos pilares fasciculados sin capitel que soportan bóvedas de crucería.

Al exterior, la iglesia ofrece una imagen sobria, reforzada por la fábrica de sillar, con dos puertas sin decoración salvo un espacio adintelado con dovelas superpuestas. Conserva restos de su primitiva edificación románica en los dos primeros cuerpos de la torre, mientras que los tres restantes son de estilo ojival y están rematados por cuatro agujas piramidales.

En el interior, la capilla de Santa Ana, fundación de los Castro-Mújica, destaca por el retablo plateresco con relieves de la vida de la Virgen, obra de Juan de Villarreal, de mediados del siglo XVI. Aquí se localizan también los enterramientos de los familiares de los fundadores, entre ellos el de Don Diego de Mújica, canónigo de la Colegiata.

En la nave derecha se halla la capilla del Dulce Nombre de Jesús, fundación de los López Gallo, en la que podemos observar el políptico de doce tablas que Ambrosius Benson pintó para la misma hacia 1530. Las seis tablas inferiores muestran escenas de interior y las seis superiores, de paisajes exteriores, a excepción de las armas de los Gallo. Asimismo, aquí se localiza la pila bautismal, realizada por algún escultor del entorno de Diego de Siloe, pieza muy representativa del renacimiento burgalés.

Además, en el interior del templo se puede admirar su excepcional exposición de arte sacro, los tapices flamencos diseñados por Cornelius Schut así como el bellísimo claustro construido en el S. XIII.

El claustro es gótico, del siglo XIV y posee algunas reminiscencias románicas en sus columnas pareadas, sencillos capiteles y arcos apuntados. El artesonado mudéjar con escudos de armas y bustos de caballeros se colocó en el siglo XV.