Emplazada en el fondo de un pequeño valle abierto por el río Mataviejas, entre las moles calizas de las peñas de Carazo y Cervera, se encuentra la localidad de Santo Domingo de Silos, dominada por el monasterio que le da nombre. En este aislado lugar se asentaron ya gentes prehistóricas. Su ubicación favoreció el tránsito de algunas calzadas romanas secundarias. Asimismo, dadas las características morfológicas de este valle, con numerosas cuevas y abrigos rupestres, pudo desarrollarse en su entorno una vida semieremítica desde el siglo VII hasta principios de la siguiente centuria. De hecho, el origen de la población podría estar en un modesto cenobio visigótico del siglo VII, dedicado a San Sebastián y fundado por una comunidad monacal eremítica. En el siglo X, a medida que los condes castellanos lograron repoblar estos territorios y recuperar el pulso vital de la comarca, el monasterio resurge hasta convertirse en uno de los más destacados de la Castilla condal. El conde Fernán González le otorgó gran número de privilegios, tanto territoriales como jurídicos, que afectaban también al burgo surgido alrededor del cenobio. La población, en un principio reducida, fue creciendo a la par que se incrementó la fama del monasterio. Sin embargo, debido a las razzias del temible caudillo árabe Almanzor, a finales del siglo X el monasterio quedó sumido en un estado de ruina y desolación lamentables. Gracias a la intervención del abad Santo Domingo, el cenobio fue restaurado hasta convertirse en uno de los más influyentes de la región e incluso de España. Por esta razón, tras la muerte del santo, paso a denominarse Monasterio de Santo Domingo de Silos.

La mole rectangular del cenobio y sus claustros marcan el espacio urbano de la pequeña villa medieval, que nació y creció como parte del monasterio y al servicio del mismo. En tiempos medievales, la localidad fue cercada con una muralla de gran grosor de la que todavía se conservan algunos tramos y una puerta, conocida como arco de San Juan. También se convirtió en cabeza de una amplia merindad y contó con tres barrios y un arrabal. Por todo ello, hoy esta localidad trasluce una estructura típicamente medieval en la que se entremezclan construcciones populares con nobles casonas blasonadas. En las primeras se aprecia una mezcla de elementos de la casa serrana, como las chimeneas encestadas, con otros propios de la casa de vega del Arlanza, como entramados, soportales y balconadas de madera. Entre las casas nobiliarias, destaca la Casa Grande, construcción del siglo XVIII que perdura en la actualidad en un magnífico estado.

En las cercanías del pueblo se levantó, en 1301, el convento de San Francisco. De la primitiva construcción medieval no se conserva casi ningún resto, ya que la iglesia y las otras dependencias conventuales fueron renovadas en el siglo XVII. Fue abandonado tras la Desamortización de Mendizábal.

En la villa encontramos el Museo de los sonidos de la tierra, con una interesante colección de instrumentos musicales.